Como manter pastas de migrações separadas para vários DbContexts em um único projeto EF Core
Passe --output-dir uma vez por DbContext e o EF Core mantém todas as migrações seguintes nessa pasta e namespace. Por que o layout padrão é assimétrico, a colisão CS0111 de uma pasta compartilhada, como mover migrações existentes e quando separar a tabela de histórico.